Indeksy w MongoDB przechowują uporządkowane klucze, aby baza mogła szybko znaleźć pasujące dokumenty bez pełnego skanu kolekcji. Są indeksy jedno‑ i wielopolowe, multikey, tekstowe oraz geospatial. Indeksy przyspieszają odczyt, ale kosztują miejsce/pamięć i spowalniają zapisy.